Als Klosterkirche des Augustinerordens Ende des 13. Jahrhunderts erbaut, wurde sie fast zeitgleich mit dem gotischen Dom geweiht.
1689 wurde die Kirche der Wallonisch-Reformierten Gemeinde übergeben.
Der Blick vom rechten Elbufer auf Dom, Kloster Unser Lieben Frauen, Johanniskirche, Magdalenenkapelle, Petri- und Wallonerkirche lässt auch heute noch etwas ahnen von der prächtigen Silhouette des bedeutenden Erzbischofssitzes und der lebendigen Handelsmetropole Magdeburg mit ihrem sechs Hauptkirchen.
Unter dem Dach der als evangelisches Gemeindezentrum wiedererrichteten Wallonerkirche spielt sich heute vielfältiges kirchliches und kulturelles Leben ab.
